Il Comando Gruppo aeronavale dei finanzieri del capoluogo dipende dal Comando operativo di Pratica di Mare. La sua area d'interesse operativo si estende oltre i confini regionali e abbraccia Canale di Sicilia e parte del Tirreno meridionale. E' dotato di mezzi navali tecnologicamente evoluti e attua una intensa attività di prevenzione attraverso il monitoraggio del traffico marittimo di passaggio dal mare aperto ai bacini interni.
Contrasta i traffici di droga, armi, rifiuti tossici e nocivi e l'immigrazione clandestina ed è tenuto in grande considerazione dall'«Agenzia europea per il controllo delle frontiere esterne degli Stati membri dell'Ue» Frontex che si è avvalsa delle risorse umane e dei mezzi in dotazione anche al Gruppo aeronavale di Trapani per missioni di cooperazione in Grecia, Spagna e Francia e per contrastare l'immigrazione clandestina che interessa soprattutto Lampedusa.